במסגרת ההתנהלות התקינה של העמותה, תידרשו לדאוג לקיומם של נהלים מקצועיים מפורטים בכתב, המסדירים את פעילות העמותה.
לפעמים, בעת ביקורת עומק נדרשת העמותה להצגת ספר נהלים ובו פירוט נוהל הפעילות.
כך למשל, מצופה מעמותה המעסיקה עובדים ומקיימת פעילות משמעותית לקבוע נוהל קבלת עובדים לעמותה, נוהל התקשרות עם ספקים, נוהל נוכחות עובדים בעבודה, נוהל קופה קטנה וכיו"ב נהלים המבטיחים פעילות תקינה ורציפה בעמותה לאורך זמן. היקף הנהלים ורמת הפירוט שלהם יהיו בהתאמה להיקף הפעילות של העמותה.תהליך כתיבת הנהלים הינו תהליך מורכב אשר לוקח זמן רב אך קריטי לעתיד העמותה. בערמקס התהליך הזה יהיה יעיל, מקצועי עם תועלת לטווח המיידי והרחוק.