חוק העמותות קובע כי עמותה חייבת לנהל פנקסי חשבונות שישקפו בשלמות ובנאמנות
את עסקאותיה ומצבה הכספי. על העמותה לדאוג לרישום פעולותיה הכספיות בהתאם להוראות
ניהול ספרים של מס הכנסה ובהתאם לתוספת השנייה לחוק העמותות.
יש שסוברים כי אין הבדל בין הנהלת חשבונות רגילה של חברה או עסק מסחרי לבין הנהלת חשבונות של עמותה, אך אין הדבר כך.
ביצוע הנהלת חשבונות לעמותות שונה מביצוע הנהלת חשבונות עבור עסקים וחברות. הנה"ח לעמותה צריך שתהיה ערוכה בהתאם לחוקים ותקנות שונים, הוראות של רשם העמותות, מס הכנסה, החשב הכללי באוצר, משרדים ממשלתיים אשר תומכים בעמותה ועוד.
במילים אחרות, עבודה פיננסית זו דורשת התמצאות והבנה מעמיקה במגוון החוקים כמו גם הרגולציות השונות הרלוונטיות במגזר השלישי.